สำนักงานทหารพัฒนา จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๒๒ กรกฎาคม พุทธศักราช ๒๕๑๘ ตามมติิคณะรัฐมนตรี สืบเนื่องจาก รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช ๒๕๑๗ มาตรา ๗๐ กำหนดว่า “กำลังทหารพึงใช้เพื่อการรบหรือสงคราม เพื่อป้องกันสถาบันพระมหากษัตริย์ เพื่อการปราบปรามการกบฏและการจลาจล เพื่อรักษาความมั่นคงของรัฐ และเพื่อการพัฒนาประเทศ”
เนื่องจากการใช้กำลังทหารเพื่อการพัฒนาประเทศตามที่กำหนดไว้ในรัฐธรรมนูญ เป็นหน้าที่ใหม่เพิ่มขึ้นจากหน้าที่ปกติ กระทรวงกลาโหมจึงมอบหมายให้กองบัญชาการ ทหารสูงสุด เสนอแนวความคิดในการปฏิบัติ เพื่อให้บรรลุหน้าที่ดังกล่าว นำเสนอต่อคณะรัฐมนตรีและมีมติเห็นชอบเมื่อวันที่ ๒๒กรกฎาคม พุทธศักราช ๒๕๑๘ ให้จัดตั้งหน่วยงานที่ดำเนินการในการใช้กำลังทหารเพื่อการพัฒนาประเทศโดยเฉพาะ
ใช้ชื่อว่า “สำนักงานทหารพัฒนาการ สำนักผู้บัญชาการทหารสูงสุด” มีที่ตั้งอยู่ ณ ศาลาวันเด็ก สนามเสือป่า เขตดุสิต กรุงเทพฯ
ต่อมาเมื่อวันที่ ๒๙ สิงหาคม พุทธศักราช ๒๕๓๓ ได้มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการ กองบัญชาการทหารสูงสุด ให้ศูนย์ส่งเสริมขยายพันธุ์สัตว์ กองอำนวยการกลางรักษาความปลอดภัยแห่งชาติ มารวมกับ สำนักงานทหารพัฒนาการ สำนักผู้บัญชาการทหารสูงสุด แล้วใช้ชื่อว่า “สำนักงานทหารพัฒนา กองอำนวยการกลางรักษาความปลอดภัยแห่งชาติ ” จนกระทั่งวันที่ ๒๖ กุมภาพันธ์ พุทธศักราช ๒๕๔๐ มีการแก้อัตรา กองบัญชาการทหารสูงสุด ให้มีการเปลี่ยนนามหน่วยจากกองอำนวยการกลาง รักษาความปลอดภัยแห่งชาติ หรือ กรป.กลาง เดิม "เป็นหน่วยบัญชาการทหารพัฒนา" สำนักงานทหารพัฒนา กองอำนวยการกลางรักษาความปลอดภัยแห่งชาติ จึงเปลี่ยนเป็น “สำนักงานทหารพัฒนา หน่วยบัญชาการทหารพัฒนา” ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา
และเมื่อ ๒ เม.ย.๕๒ ได้มีคำสั่งกองทัพไทย เรื่อง อัตรากองบัญชาการกองทัพไทยให้สำนักงานทหารพัฒนาใช้อัตราเฉพาะกิจหมายเลข ๒๑๘๐ ในการจัดหน่วยตามอัตราโครงสร้างใหม่ ซึ่งเพิ่มหน่วยส่งเสริมการเกษตร และสหกรณ์ที่ ๑ - ๕ เป็นหน่วยขึ้นตรง ของ สำนักงานทหารพัฒนา หน่วยบัญชาการทหารพัฒนา กองบัญชาการกองทัพไทย ซึ่งปัจจุบันมีที่ตั้งอยู่ที่เลขที่ ๘ ถนนนาวงประชาพัฒนา แขวงสีกัน เขตดอนเมือง กรุงเทพ ฯ โดยมีผู้อำนวยการสำนักงานทหารพัฒนา อัตราพลตรี เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ ปัจจุบันตั้งแต่ ๑ ต.ค.๖๓ มี พล.ต. นพดล ปิ่นทอง เป็นผู้อำนวยการสำนักงานทหารพัฒนา หน่วยบัญชาการทหารพัฒนา